Chercheuse intrépide, la doctoresse Lily Houghton quitte Londres pour explorer la jungle amazonienne à la recherche d'un remède miraculeux. Pour descendre le fleuve, elle engage Frank Wolff, un capitaine roublard aussi douteux que son vieux rafiot délabré. Bien décidée à découvrir l'arbre séculaire dont les extraordinaires pouvoirs de guérison pourraient changer l'avenir de la médecine, Lily se lance dans une quête épique. L'improbable duo va dès lors affronter d'innombrables dangers - sans parler de forces surnaturelles - dissimulés sous la splendeur luxuriante de la forêt tropicale. C'est alors que les secrets de l'arbre perdu se révèlent peu à peu.