Plusieurs mois après leur arrivée à Charleston, Tom Mason et les combattants du 2e Régiment du Massachusetts continuent le combat. Tom est devenu président des nouveaux Etats-Unis mais doit faire face à des espions inflitrés dans les rangs de la résistance. Les humains s'allient aux Volms, une race alien aux intentions troubles, pour lutter contre les Esphenis, les extraterrestres qui ont envahi la Terre. La 3e saison installe définitivement la série dans le genre science-fiction et resserre les relations des personnages de Noah Wyle et Moon Bloodgood. L'avion de Tom et Pope s'est écrasé. Tom reprend ses esprits, miraculeusement indemne. Après avoir constaté que le pilote est mort durant le crash, il réussit à sortir Pope vivant des débris de l'appareil, et ce malgré les flammes qui font rage. Tous les deux vont devoir regagner Charleston par leurs propres moyens. Pendant ce temps, en ville, Hal est réveillé par Ben, qui lui apprend qu'Anne et sa fille Alexis sont portées disparues. Le colonel Weaver part sans plus attendre à leur recherche...