Daniel Jackson a découvert que les Anciens, grâce à la Porte des étoiles, ont exporté leur civilisation et leur savoir sur Pégase, une galaxie naine proche de la Terre. Cette civilisation antédiluvienne correspondrait à la mythique Atlantide. Afin de vérifier ces hypothèses, un nouveau programme d'exploration est mis sur pied, dirigé par le docteur Wear, une scientifique qui a remplacé le colonel O'Neill. A la demande de cette dernière, le major Shepard, un pilote d'hélicoptère que rien n'effraie, se joint à l'expédition. Ce qu'ils vont découvrir de l'autre côté de la Porte des étoiles n'est peut-être pas à la hauteur de leurs espoirs... La planète Atlantis subit une terrible tempête, qui risque de faire d'énormes dégâts. Afin de préserver la population, Sheppard et Ford se rendent sur une autre planète pour négocier l'évacuation d'Atlantis. Pendant ce temps, McKay et Zelenka cherchent le moyen d'alimenter le bouclier de protection de la planète, balayée par les vents. Les conditions climatiques rendent l'opération presqu'impossible. Avant que l'évacuation ne débute et que le bouclier ne soit activé, les Genii sont informés de la situation. Atlantis étant à présent vulnérable, ils pourraient en profiter pour attaquer à tout moment...