Emanations massives de méthane, vapeurs prise d'otage, mer de plastique, tempête solaire : l'équipe Scorpion affronte de nouvelles menaces. Le groupe de génies devra également coopérer avec deux de ses ennemis jurés. Sur un plan plus personnel, Paige et Walter hésitent quant à la suite à donner à leur relation. Après une décision qu'il savait risquée, Cabe va être jugé. Cette ultime saison voit le retour de Mark Collins, interprété par Joshua Leonard, le temps de deux épisodes. Gemma Franklin, agent du MI6, contacte Scorpion pour que les agents l'aident à reprendre le contrôle d'un satellite armé d'un laser qui est tombé aux mains d'un groupe de hackers anarchistes. Ceux-ci ont programmé le satellite pour qu'il ouvre le feu quelque part sur la ville dans moins d'une heure. L'équipe parvient à découvrir la localisation du pirate, aux abords de l'aéroport de Los Angeles et doit trouver une manière de le neutraliser. La mission se complique en raison du tempérament dominant de Gemma...