D'enquête en enquête, les relations entre la DHR, une organisation de policiers corrompus, et la mafia russe se dégradent. Reese, traqué, blessé, tente d'échapper à ses poursuivants. Carter poursuit son objectif : faire tomber la DRH. La machine a pris son indépendance. Nul ne sait quels buts elle s'est fixée. Du fond de son asile, Root tente de se reconnecter et de s'évader. Shaw apporte à Reese et Finch une aide que sa violence rend problématique. Amy Acker et Sarah Shahi sont promues au rang de personnage principal dans cette troisième saison.