Quatre mois ont passé depuis les derniers événements. Alors qu'il a été promu directeur adjoint du Bureau des légendes, Guillaume Debailly accepte de travailler à la solde de la CIA afin de libérer Nadia, prisonnière du Hezbollah. Duflot découvre qu'une taupe sévit au sein de son service : parviendra-t-il à remonter jusqu'à Malotru ? En Iran, Phénomène, de son vrai nom Marina Loiseau, poursuit sa mission d'infiltration périlleuse. La DGSE doit également arrêter un djihadiste français qui commet des exactions sanglantes. Une exploration toujours plus poussée de l'univers du renseignement dans cette deuxième saison avec plus d'action et de tensions.