Les agents britanniques sous couverture sont en danger à cause d'une cyberattaque. Johnny English, désormais retraité et qui enseigne, à sa façon, le métier d'espion, est alors chargé par le Premier ministre de sauver ses confrères. Le génie du piratage, responsable de l'attaque, est localisé sur la Côte d'Azur. Johnny English, dont les méthodes sont dépassées, découvre à ses risques et périls, les nouvelles technologies, comme la réalité virtuelle. En France, il rencontre la très belle et dangereuse Ophelia, proche du fameux pirate. Avec beaucoup de difficultés, Johnny English parvient à monter à bord du yacht du criminel.