En Afrique orientale, en 1914. Les Allemands incendient un village de brousse et enrôlent ses habitants de force. Lorsque le pasteur du hameau meurt, sa soeur, Rose, vieille fille puritaine, reste seule et déboussolée. Charlie Allnut, grand buveur de gin, la recueille sur son vieux rafiot, l'"African Queen". Rose s'est mis en tête de descendre le fleuve sur plusieurs centaines de kilomètres pour faire sauter la "Louisa", une canonnière allemande qui empêche les troupes britanniques de débarquer. Charlie n'approuve pas du tout ce projet téméraire, mais Rose n'est pas du genre à se laisser décourager. Les deux passagers du navire ne cessent dès lors de se quereller.