Quand elle était enfant, l'agent M a vu les Men in Black effacer la mémoire de ses parents. Elle n'a rien oublié et est bien décidée à intégrer ce corps d'élite. Recrutée par l'agent O, elle doit faire équipe avec l'agent H. Ils ont pour mission de découvrir qui est la taupe de l'organisation et la mettre hors d'état de nuire...