Pendant le conflit, le communiste Mohammed Najiboullah s'est hissé à la tête du pays. Ses tentatives de réconciliation nationale restent vaines face aux ambitions des moudjahidine d'installer une République islamique. Mais le front combattant pâtit de sa désunion. Les commandants Massoud et Hekmatyar se livrent un combat féroce qui mène à la guerre civile. Au milieu du chaos, une nouvelle force émerge : les taliban. Formés dans les écoles coraniques pakistanaises après avoir fui le conflit afghan dans les années 1980, ils gagnent le soutien de la population en promettant l'ordre et la justice.