L'équipe du NCIS vient en aide à Nick Torres, accusé d'un meurtre dont il endosse la responsabilité, puis met un point d'honneur à résoudre une affaire non résolue sur laquelle Ducky avait été sollicité juste avant sa mort. Les collègues du médecin légiste n'ont pas le temps de s'appesantir sur sa disparition car d'autres enquêtes nécessitent leur expertise. Quant à Leon Vance, il est victime d'une tentative de meurtre. Une 21e saison placée sous le signe de l'émotion avec la disparition d'un personnage emblématique et le 1000e épisode de la franchise. Lorsque Maurice Riva, l'ex-compagnon violent de la mère de Nick Torres quand celui-ci était enfant, est abattu, Nick est arrêté par le FBI. Refusant de parler à qui que ce soit et d'être assisté par un avocat, l'agent du NCIS reconnaît le meurtre. Ses collègues, qui ne croient pas en sa culpabilité, cherchent à l'innocenter avec l'aide de sa soeur, Lucia, et en collaborant avec l'agent Rose, mandatée par le FBI... Un célèbre chirurgien cardiaque a été enlevé, séquestré puis assassiné. Qui pouvait en vouloir à cette pointure de la médecine ? C'est ce que tente de savoir l'équipe du NCIS qui débute son enquête. Mais les suspects sont nombreux : anciens patients, famille d'anciens malades, règlement de comptes plus personnel ?