Avec l'avenir incertain d'Atlantis et des enjeux plus grands que jamais, le Colonel Sheppard et son équipe doivent faire face à leurs plus grands défis pour assurer la survie de l'humanité. L'équipe, composée notamment de Ronon Dex, Teyla Emmagan et Rodney McKay, doit naviguer à travers des combats intenses et des alliances changeantes. La cinquième et dernière saison du spin off de Stargate SG-1 clôt les aventures de l'équipe d'Atlantis et met les bouchées doubles sur les phases d'action.