Daniel Jackson a découvert que les Anciens, grâce à la Porte des étoiles, ont exporté leur civilisation et leur savoir sur Pégase, une galaxie naine proche de la Terre. Cette civilisation antédiluvienne correspondrait à la mythique Atlantide. Afin de vérifier ces hypothèses, un nouveau programme d'exploration est mis sur pied, dirigé par le docteur Wear, une scientifique qui a remplacé le colonel O'Neill. A la demande de cette dernière, le major Shepard, un pilote d'hélicoptère que rien n'effraie, se joint à l'expédition. Ce qu'ils vont découvrir de l'autre côté de la Porte des étoiles n'est peut-être pas à la hauteur de leurs espoirs... Sheppard et son équipe, McKay, Abrams et Gaul, découvrent et explorent un vaisseau Wraith abandonné, datant de la bataille des Anciens. Ils captent un faible signal de détresse en provenance d'une planète proche, sur laquelle ils se posent. Sur place, ils découvrent un vaisseau de ravitaillement Wraith, entouré de cadavres...