Alors que Sheppard a été enlevé sur le continent et que Woolsey rencontre la mystérieuse docteur Conrad, McKay et Zelenka font une découverte sur la nature d'une ancienne espèce ayant vécu sur Atlantis. En scannant le fond des océans, les deux scientifiques ont, en effet, localisé un curieux objet. L'artefact est amené à la base pour une analyse plus approfondie. Pendant ce temps; Woolsey apprend qu'il est rappelé sur Terre...