Emanations massives de méthane, vapeurs prise d'otage, mer de plastique, tempête solaire : l'équipe Scorpion affronte de nouvelles menaces. Le groupe de génies devra également coopérer avec deux de ses ennemis jurés. Sur un plan plus personnel, Paige et Walter hésitent quant à la suite à donner à leur relation. Après une décision qu'il savait risquée, Cabe va être jugé. Cette ultime saison voit le retour de Mark Collins, interprété par Joshua Leonard, le temps de deux épisodes. L'équipe Scorpion se rend au Nouveau-Mexique où un treuil mis au point par Happy est attendu pour dégager une route. Alors qu'ils portent secours à des alpinistes égarés, ils voient un avion s'écraser à proximité. Sur les lieux de l'accident, ils retrouvent une fille et son père, ce dernier annonçant que son fils a réussi à sauter en parachute au dernier moment. Paige et Walter partent à sa recherche pendant que Toby et Happy soignent la jeune femme, blessée à la jambe. Pendant ce temps, Cabe, aidé par Sylvester, prépare son procès...