Au cours d'une enquête, l'équipe de Mystère & Cie affronte des adversaires terriblement dangereux et seul le soutien inespéré de Batman permet leur capture. Le vengeur masqué propose ensuite à Scooby-Doo et à ses amis de l'aider à résoudre plusieurs affaires. Rapidement, ils sont confrontés à un vilain encore inconnu, drapé dans une cape rouge, qui a prévu de faire main basse sur Gotham City...