Presque 20 ans ont passé, Neo mène une existence normale, ne se souvenant pas de son passé, sous son identité de Thomas A. Anderson. Il consulte fréquemment son psychiatre afin de lui expliquer ses rêves qui lui paraissent si réels. Celui-ci lui donne des pilules bleues pour tenter de contrer ces choses étranges qu'il perçoit. Un jour, des visages familiers réapparaissent dans sa vie, et notamment celui de Trinity, mais malheureusement ils ne semblent pas se reconnaître. Très vite, Morpheus fait son retour, sous une nouvelle forme, et lui propose à travers la prise de la pilule rouge de rejoindre à nouveau le monde de la matrice...