Dans les années 60, au sein d'une école catholique du Bronx, un scandale est sur le point d'éclater. Soeur Aloysius, qui dirige l'établissement, soupçonne Brendan Flynn, le prêtre de la paroisse, de se livrer à des attouchements sur un élève. Mais les preuves manquent, et Flynn nie de toutes ses forces...