L'Enterprise rejoint la Terre, sauvé par le sacrifice de Spock. C'est alors que Sarek, son père, révèle à Kirk que les Vulcaniens sont capables de se dédoubler et que son fils avait légué sa force mentale au docteur McCoy. Il est donc possible de réunir le corps et l'esprit de Spock afin de le ressusciter. Malgré l'interdiction qui lui en est faite, Kirk repart avec son équipage à bord de l'Enterprise en direction de Génésis. Là, le vaisseau Grissom est pulvérisé par une attaque ennemie. Les deux seuls survivants sont le docteur Marcus, le fils de Kirk, et la Vulcanienne Saavik, venus étudier Génésis...