Malotru est otage entre les mains de Daech et la DGSE tente de le sortir de cet enfer avec l'aide de Nadia et de ses précieux contacts syriens. Dans sa prison, Malotru rencontre un allié inattendu. Marina, de son côté, est approchée par un agent du Mossad, qui ne tarde pas à l'envoyer en mission à l'autre bout du monde. Tandis que Duflot décide de partir sur le terrain en Syrie, Marie-Jeanne le remplace à la tête du Bureau des légendes. Une troisième saison en phase avec l'actualité, menée tambour battant et toujours portée par un casting impeccable, Mathieu Kassovitz en tête.