New York a sombré dans la criminalité depuis que l'infâme Shredder tient la ville sous sa coupe, avec l'aide du clan des Foot. De la police aux politiques, il a la mainmise sur toute la cité. Mais quatre tortues tout juste sorties des entrailles de la Terre pourraient bien s'opposer au bandit. Avec l'aide de la journaliste April O'Neil et de son cameraman casse-cou Vern Fenwick, les héroïques tortues - Leonardo, le leader, Michelangelo, le beau gosse, Raphael, le rebelle, et Donatello, le cerveau - mettent tout en oeuvre pour sauver la ville en sabotant le plan machiavélique fomenté par Shredder.