Dans un futur lointain, la conquête spatiale et les progrès de la technologie ont permis de partir à la conquête de l'espace et de découvrir des races extraterrestres. Malheureusement, l'une d'elles, les Humanoïdes, a ravagé la Terre et a asservi l'espèce humaine. Deux hommes seulement, décident de lutter : Albator, commandant d'un vaisseau cargo, et Alfred, brillant ingénieur mécanicien. Tous deux s'embarquent à bord de l'Atlantis. La lutte va pouvoir commencer...