A 16 ans, Hanna est tout sauf une jeune fille comme les autres. Elevée dans la toundra finlandaise par son père, Erik, un ancien agent de la CIA, elle a été initiée depuis sa prime enfance aux techniques de combat les plus élaborées et est aujourd'hui une tueuse d'élite. Hanna se sentant enfin prête, Erik la laisse seule aux prises avec l'agent Marissa Wiegler, la responsable de la mort de la mère d'Hanna, quinze ans plus tôt. Erick connaît bien des secrets sur le trouble passé de l'agent, des secrets que cette dernière ne voudrait voir divulguer pour rien au monde. Au cours de cette traque sans merci, Hanna va découvrir le monde et la terrible vérité...