L'équipe toute entière est envoyée en mission ultra secrète à Amsterdam, aux Pays-Bas, pour espionner une parlementaire soupçonnée de divulguer des secrets d'états à des terroristes. Mais MacGyver et ses trois collègues ont été repérés par les services secrets néerlandais ; après l'explosion d'une bombe, ils sont suspectés d'être à l'origine d'une attaque terroriste. Matty et la fondation Phoenix se retrouvent dans l'obligation de les désavouer pour éviter un incident diplomatique. Les agents doivent rétablir la vérité en prouvant leur innocence...