Sheppard informe la base que l'équipe du major Leonard n'a pas fait son rapport comme il était convenu. En se rendant sur la planète où l'équipe a disparu, Sheppard découvre qu'ils ont dû faire face à des Genii, qui n'ont pas survécu à la bataille. Les corps d'autres Genii sont retrouvés dans un bunker et il semble qu'ils se soient entretués. Si l'équipe du major est retrouvée sans vie, son responsable manque à l'appel...