L'équipe du NCIS doit escorter le chef des opérations navales. En effet, ce haut responsable a récemment été menacé de mort par un groupe de défenseurs des droits de l'homme. Sur le trajet, Tim McGee tire sur un individu qui semblait menaçant. L'homme est tué sur le coup et la fouille de son corps révèle qu'il était désarmé. En revanche, son identité est très rapidement découverte : il s'agissait d'un policier infiltré parmi les proches d'un trafiquant de drogue. Tandis que Jenny Shepard donne son feu vert pour l'ouverture d'une enquête, Gibbs et son équipe tentent de prouver l'innocence de McGee...