L'agent Neville ordonne à Rufus et à Lucy de partir à Houston en 1962 pour tuer la mère de Flynn et ainsi éviter qu'il ne naisse. Cependant, Rufus pirate le système informatique pour perdre le contact avec le gouvernement. Il veut voyager librement avec Wyatt et Lucy dans le vaisseau. Leur mission est retardée quand Flynn est repéré à Chicago en 1931, où il côtoie le gangster Al Capone...