Une fois l'arme d'Anubis détruite, O'Neill et Sam sont de retour à la base pour apprendre que Jonas et Daniel n'ont pas réussi à s'échapper. De son côté, Hammond est sans nouvelles de Yu qui avait promis de tendre un piège à Anubis. O'Neill pense que Yu les a trahis. C'est alors qu'un appel de détresse parvient de la planète Kelowna, qui a été attaquée et envahie par les troupes d'Anubis. Arrivés sur place, O'Neill et Sam découvrent qu'Anubis s'est emparé des réserves de naquadria, une matière première dont le flux énergétique est très puissant...