Aujourd'hui docile et rangé, Luc Deveraux, un Universal Soldier de la première génération, participe, en tant que conseiller technique, à l'élaboration d'un programme censé accroître les performances des Soldiers. SETH, un ordinateur surpuissant, assiste les chercheurs dans leur délicate mission. Hélas, victime d'une importante réduction de budget, l'armée décide brusquement de mettre un terme au programme. Consternation générale. Menacé de déconnexion, SETH se rebelle, prend le contrôle des opérations sans demander l'avis de personne et réorganise, à sa manière, la production des Soldiers. Il se télécharge dans le corps d'un Soldier et prend la tête des troupes, fermement décidé à conquérir le vaste monde. Mais il lui faudra d'abord abattre Luc Deveraux qui, tenace, se dresse sans discontinuer sur son chemin...