La cérémonie de clôture de la Ligue de Kalos est perturbée par l'apparition de plantes géantes qui menacent la ville d'Illumis. Lysandre de la Team Flare annonce son intention de créer un Nouveau Monde réservé aux "élus". Sacha et Alain tentent de sauver Martine, mais Sacha découvre qu'Alain travaille avec Lysandre. Sacha est capturé par la Team Flare et emprisonné au sommet de la Tour Prismatique. Ses amis sont confrontés à un Zygarde en colère, mais un deuxième Zygarde intervient. Pouic se transforme et révèle sa véritable identité. Un affrontement entre les deux Zygarde semble imminent...