Matty Webber, la nouvelle directrice de l'agence Phoenix, confie sa première mission à MacGyver et son équipe : retrouver le meurtrier d'un agent fédéral, repéré par les caméras de surveillance d'un magasin d'Atlanta grâce à un programme de reconnaissance faciale. Evadé à plusieurs reprises, l'homme semble avoir un complice au sein du FBI. Mais une fois sur place, Jack et Mac découvrent que la réalité est tout autre. Pendant ce temps, le reste de l'équipe se prépare à rendre des comptes à Matty, leur nouvelle supérieure...