Le docteur Weir se réveille sur Terre, dans un institut psychiatrique. Les médecins lui expliquent que tout ce qu'elle sait sur le programme de la Porte des étoiles et d'Atlantis n'est autre que le fruit de son imagination. Elle demande alors à voir Jack O'Neill, qui lui confirme que ni l'une ni l'autre n'existent. Très vite, Weir se rend compte qu'elle est bien loin d'être folle. Elle décide de mener l'enquête pour comprendre ce qui s'est passé.