Juste avant Halloween, en Arizona, toute l'équipe explore un vaste réseau de grottes et de cavités souterraines à la recherche d'une colonie de chauve-souris. Elles sont atteintes d'une maladie qui menace la biodiversité de tout le continent américain et doivent être traitées au plus vite. La mission de Scorpion va prendre une autre tournure avec le sauvetage d'un couple de zoologistes. A leur retour, Walter et Happy sont attendus par les services de l'immigration...