Le meurtre d'une cryptanalyste de la DEA met au jour une menace intérieure, orchestrée par des sympathisants de Daech qui tentent de s'en prendre à des cibles militaires. L'enquête du NCIS conduit Sam et Callen à bord de l'USS Allégeance, un porte-avions qui se trouve dans le golfe Persique, auprès du capitaine Harmon Rabb. Ancien membre du JAG, ce dernier travaille désormais comme second sur ce navire...