Le jeune Angus MacGyver est un agent spécial du gouvernement américain, au service d'une organisation secrète protégeant les intérêts du pays. Son don unique pour la débrouille et ses méthodes peu orthodoxes sont des atouts inestimables. Sous les ordres de l'espionne Patricia Thornton, épaulé par l'ancien membre des forces spéciales Jack Dalton et par l'analyste Nikki Carpenter, Mac se rend en Italie pour intercepter une arme biologique sur le point d'être vendue, mais la mission ne se passe pas comme prévue...