Le professeur Willis est assassiné. Kate Lafferty, une étudiante en physique, découvre, de son côté, des informations ultra-secrètes provenant du ministère de la Défense. Elle travaillait en collaboration avec le défunt sur un programme de guidage de fusées. MacGyver protège la jeune femme, honorant ainsi une promesse faite à Willis avant sa disparition. Kate connaît en effet un mot de passe qui la met en danger...