Plusieurs mois après leur arrivée à Charleston, Tom Mason et les combattants du 2e Régiment du Massachusetts continuent le combat. Tom est devenu président des nouveaux Etats-Unis mais doit faire face à des espions inflitrés dans les rangs de la résistance. Les humains s'allient aux Volms, une race alien aux intentions troubles, pour lutter contre les Esphenis, les extraterrestres qui ont envahi la Terre. La 3e saison installe définitivement la série dans le genre science-fiction et resserre les relations des personnages de Noah Wyle et Moon Bloodgood. Tom apprend que Karen retient Anne et Alexis prisonnières. Il aimerait les chercher le plus rapidement possible, mais il se rend finalement à la raison : il vaut mieux attendre des nouvelles de Karen avant d'agir. De son côté, Lourdes mène des expériences médicales dangereuses. Quant à Hal, il avoue à son entourage les nouveaux sentiments qui l'envahissent et dévoilent les démons qui le rongent...