Sheppard et son équipe explorent une planète et découvrent avec stupeur qu'il s'agit d'une réplique d'Atlantis dont les dirigeants sont dotés du gène des Anciens. Les paysans sont contraints de donner la moitié de leur récolte à leur roi qui, en échange, leur assure une protection contre les Wraith. Otho, un seigneur de la cité, scanne les membres de l'équipe et apprend que Sheppard possède également le fameux gène. Mara, la fille du roi, est sur le point de prendre la succession de son père mourant. Cependant, au fil des générations, la qualité du gène s'est détériorée. Sheppard représente l'unique espoir de perpétuer la lignée royale...