Maya, une extraterrestre qui peut se transformer en n'importe quelle autre créature, rejoint l'équipage du commandant Koenig. Son aide se révèle vite précieuse, car un jeune couple a pris le site Alpha en otage et demande à être reconduit sur sa planète d'origine. A peine remis de leurs émotions, voici que Koenig, le docteur Russel et Carter se retrouvent projetés sur Terre, en 1339, lors d'une terrible épidémie de peste noire. De retour sur la base, Russel découvre deux corps en hibernation et tente de les ranimer. Une seconde saison qui multiplie les effets scéniques et les trucages, principalement du maquillage, des illusions d'optique et des effets pyrotechniques. Alpha reçoit un message radio en provenance des Etats-Unis. Le commandant Koenig, le docteur Russell et Alan Carter sont entraînés dans un étrange voyage à travers le temps. Tous trois se retrouvent bientôt en 1339 sur la planète Terre, en proie à une effroyable épidémie de peste noire. Ils doivent faire face à la terrible maladie, ainsi qu'à l'hostilité ambiante...