Emanations massives de méthane, vapeurs prise d'otage, mer de plastique, tempête solaire : l'équipe Scorpion affronte de nouvelles menaces. Le groupe de génies devra également coopérer avec deux de ses ennemis jurés. Sur un plan plus personnel, Paige et Walter hésitent quant à la suite à donner à leur relation. Après une décision qu'il savait risquée, Cabe va être jugé. Cette ultime saison voit le retour de Mark Collins, interprété par Joshua Leonard, le temps de deux épisodes. Tandis que Toby décide de rester au garage avec Cabe, officiellement pour préparer le repas de Thanksgiving, officieusement pour analyser son "patient", le reste de l'équipe part en mer pour une mission de nettoyage. Outre des vers mangeurs de plastique, ils emmènent Florence dans leurs bagages, une chimiste dont le laboratoire jouxte les locaux de Scorpion. Cette dernière ayant vu Ralph traverser son plafond, l'avait ramené au garage non sans manifester son mécontentement...