MacGyver vient en aide à une amie d'enfance devenue archéologue, Zoe Ryan, qui est à la recherche de la rose sacrée. Cet objet précieux, réalisé au XIIe siècle par un alchimiste, est supposé être la troisième pièce d'un puzzle qui conduirait ses heureux détenteurs sur les traces du Graal...