Appelée sur les lieux d'une collision entre une voiture et un train de banlieue, l'équipe de Bones fait la connaissance de sa nouvelle patronne, Camille Saroyan, une ancienne petite amie de Booth. Camille et Booth renouent avant de se séparer dans l'épisode 12, "Fin de partie", mettant à nouveau en scène le tueur en série Howard Epps. C'est également dans cette deuxième saison qu'apparaît le Fossoyeur, un personnage récurrent de la série jusqu'à la saison 6. Enfin, Angela, l'infographiste de l'Institut, qui est aussi la fille de Billy Gibbons, du groupe ZZ Top, entame une relation avec l'entomologiste Jack Hodgins. Sur le site d'un immeuble en construction, un cadavre en décomposition est retrouvé gisant dans une baignoire remplie d'un liquide visqueux. Après avoir examiné les restes de la victime avec ses collègues, Brennan parvient à l'identifier. En étudiant le profil du mort, Booth découvre que l'homme menait une double vie familiale et professionnelle. Pour une femme il était Lawrence Seaver, pour l'autre, il s'appellait Larry Turner. Si le mobile semble trouvé, reste à déterminer le coupable. C'est alors qu'un nouvel élément brouille un peu plus l'enquête : un lien avec une troisième femme est établi...