Les missions de MacGyver sont de plus en plus variées. Qu'il s'agisse de retrouver des documents secrets ou de tester un nouveau système informatique, il répond toujours présent. Pendant son temps libre, le génial bricoleur vient en aide à ses amis, qui ont souvent de graves ennuis. Ainsi, pour confondre un arnaqueur qui a trahi la confiance d'une de ses vieilles connaissances, il n'hésite pas à élaborer un plan ingénieux. Piégé avec son grand-père par des terroristes dans le bâtiment de la Fondation Phoenix, l'agent doit à nouveau inventer de subtils stratagèmes. Une saison riche en inventions réalistes : seules certaines étapes, par mesure de sécurité, n'ont pas été montrées à l'écran.