MacGyver est surpris d'apprendre qu'une femme, dont il était autrefois amoureux, s'est mariée avec un agent soviétique. Toujours épris d'elle, il l'aide à libérer son époux, emprisonné pour avoir tenté de passer à l'Ouest. En compagnie de son ami Jack Dalton, il se retrouve ensuite dans des situations inextricables. Alors que la guerre froide bat son plein, l'agent se rend en Allemagne de l'Est, à la recherche d'un prototype d'avion qui s'est écrasé en zone ennemie. Plusieurs épisodes de cette troisième saison ont été réalisés par Cliff Bole, connu pour avoir travaillé sur "Hooker", "V" ou encore "Drôles de dames".