Un capitaine appartenant au corps des marines a été assassiné. Dans le cadre de ses fonctions, ce jeune officier au cursus irréprochable avait accès à des informations classées top secret par le ministère de la Défense. Gibbs prend l'affaire en main, mais constate très rapidement que le NCIS n'est pas seul à enquêter sur ce dossier compliqué. En effet, Shepard lui annonce qu'il va devoir collaborer avec un autre service de l'armée représenté par le lieutenant-colonel Hollis Mann. L'affaire prend un tour très personnel pour Gibbs lorsqu'il s'avère qu'un des principaux témoins est Stephanie Flynn, une de ses ex-épouses...