Si, au début de leurs aventures, les six naufragés de l'espace se sont réveillés dans un vaisseau, c'est bien dans une prison qu'ils ouvrent cette fois les yeux. Tous essaient de comprendre le fonctionnement du lieu. Deux se lie d'amitié avec une des détenues, Nyx. Grâce à son aide, ils élaborent un plan d'évasion. Mais l'opération est remise en cause lorsque trois des reclus perdent soudainement la mémoire. Androïde, de son côté, installe un logiciel qui lui permet de se faire passer une humaine. Elle espère ainsi tromper la vigilance de l'Autorité Galactique. Anthony Lemke et Zoie Palmer, qui ont tourné ensemble dans "Lost Girl", se retrouvent dans cette 2e saison aboutie. Des clones de Trois, Quatre et Cinq sont envoyés dans la forteresse de Reynaud pour découvrir à quoi sert une mystérieuse carte. Ils apprennent qu'elle appartient à un système de déplacement très sophistiqué : l'Hyper Flash...